Utdrag fra: Modellering av fininnstilling i biologien
av Ola Hössjer og Steinar Thorvaldsen -lenke.

Om bruken av statistiske metoder for å avgjøre grad av fininnstiling, sier de flg:
Det beste vi kan gjøre er å utlede (eller estimere/teste) verdiene til de ukjente parameterne, og basert på dette estimatet sannsynligheten for en bestemt hendelse som representerer en spesifikk samling av mulige utfall.

Forfatterne (Høssjer/Thorvaldsen) estimerte en sannsynlighet på 1 til 10^11 for å finne et ATP -bindende protein, noe som indikerer en høyere sannsynlighet enn funnet av Axe. Nylig foretok Kozulic og Leisola (2015) nøye analyser av disse resultatene, og konkluderte med at sannsynligheten for å finne ATP -bindingsaktivitet som ville fungere i en celle, ville være mindre enn 1 til 10^32. Estimater som disse avhenger av forskjellige faktorer ( komponenter i parameteren vectorhp), inkludert lengden på proteinene som er vurdert. De indikerer at sannsynligheten for å finne et funksjonelt protein i sekvensrom kan variere stort, men forblir vanligvis langt utenfor rekkevidde for darwinistiske prosesser (Axe, 2010a)

Bilde 1. Sannsynligheten for å finne funksjonelt protein -kan variere mye (størrelsesavhengig)

Livet som det er i dag er en avhengig DNA-proteinverden (Voie, 2006). RNA-molekyler kan imidlertid fungere både som enzym ('protein') og som replikator ('DNA'). EugeneKoonin (2007,2012) har gjort en teoretisk studie av veien fra en antatt RNA-verden til et eksplisitt oversettelsessystem (som en "DNA-proteinverden"). Han fant at denne stien var utrolig bratt (Koonin, 2012, s. 376), selv under det beste tilfellet. Koonin studerte kravene til et spesifisert koblet replikasjons-oversettelses-RNA-system for å dukke opp, etter at universet vårt ble dannet, innenfor en O-region av planeter. Forutsatt at replikasjonsoversettelses-RNA-systemet tilsvarer et n-polymer med 1800 nukleotider, beregnet han til forsvinnende små odds:
for at det skulle dukke opp innen et tidsintervall på t= 3*10^17 sekunder etter Big Bang (tilsvarer ca. 10 milliarder år).

Størrelsen: i nevneren til (5) er den forventede ventetiden til det første koblede replikasjons-oversettelses-RNA-systemet dukker opp ved en anledning mellom 1021-planetene i O-regionen. Det antas at hver og en av disse planetene har samme dimensjon som jorden, og en hastighet på 5*10^22 molekyler per sekund, som det dannes n-polymerer i det beboelige laget.
Koonin har presentert en detaljert beregning av en terskel for biologisk utvikling. Han uttalte også at RNA-verden neppe har potensial til å utvikle seg utover veldig enkle 'organismer' (Koonin, 2012, s.366)

Proteiner fungerer sjelden alene. De kan samhandle med en rekke forskjellige molekyler, men det er deres samtidige interaksjon med hverandre på samme sted, som står for mange av cellens funksjoner (Jones og Thornton, 1996). Proteiner i et protein-kompleks er forbundet med ikke-kovalente protein-protein-interaksjoner. Proteinkomplekser er en form for kvartær struktur. Disse kompleksene er grunnleggende i mange biologiske prosesser, og sammen danner de forskjellige typer molekylære maskiner som utfører en lang rekke biologiske funksjoner. Proteinsamlinger utgjør grunnlaget for mange biologiske maskiner ved å utføre handlinger som ingen av de individuelle proteinene ville være i stand til. Det er tusenvis, kanskje millioner av forskjellige typer og tilstander av proteiner i en levende organisme, og antallet mulige interaksjoner mellom dem er enormt.

Bilde 2. Eks. på protein-protein-interaksjoner

Riktig sammensetning av multiprotein-komplekser er viktig, og endring fra en ordnet til uordnet tilstand fører til en overgang fra funksjon til dysfunksjon av komplekset. Noen proteinkomplekser kan være ganske konstante og eksisterer i cellens levetid, mens andre kan være forbigående, akkumuleres for et eller annet formål og brytes ned når de ikke lengre benyttes. Et Behe-system av irreduserbar kompleksitet (nevnt i seksjon 3) består av flere godt tilpassede, samhandlende moduler som bidrar til den grunnleggende funksjonen, der fjerning av én av modulene får systemet til å effektivt å slutte fungere.